Будет ли правомерно то, что при полном расчёте, я заплачу сумму за вычетом пени?

Здравствуйте, Татьяна! 

В приложенном договоре не содержится запрета на прекращение обязательства путем зачет встречного однородного требования. Таким образом, в данном случае Вы вправе в силу ст. 410 ГК РФ заявить о прекращении своего обязательства по оплате части стоимости работ путем зачета встречного обязательства по уплате неустойки, которое возложено на другую сторону, т.е. удержать ее из оплаты. Для этого необходимо направить контрагенту соответствующее заявление. 

Если Вам нужна более подробная консультация по вопросу или помощь в составлении документов, то можете обратиться ко мне в чат.

С уважением, Щепин Александр !