И что необходимо делать в такой ситуации?

Добрый день. 

Во-первых, являетесь ли вы материально ответственным и в какой мере (полная материальная ответственность, коллективная материальная ответственность)? Это должно быть указано в Вашем трудовом договоре, договоре о полной материальной ответственности и локальных актах. 

Во-вторых, должен быть соблюден порядок привлечения к материальной ответственности. 

Согласно ст. 247 ТК РФ до принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт. Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.

Соответственно, Вы можете познакомиться с материалами проверки и понять, правомерно ли удержание суммы из Вашей выплаты. 

В-третьих, согласно ст. 248 ТК РФ взыскание с виновного работника суммы причиненного ущерба, не превышающей среднего месячного заработка, производится по распоряжению работодателя. Распоряжение может быть сделано не позднее одного месяца со дня окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба. 

Проверьте, были ли соблюдены работодателем эти правила. 

Если нет — в течение года с даты увольнения Вы можете обратиться в суд и потребовать взыскать с работодателя удержанные им суммы с процентами. 

Если эта консультация была полезна для Вас, пожалуйста, поставьте плюс (положительный отзыв).