Добрый вечер, ООО оплатило штрафы ГИБДД, в платежке не указав УИН, перезвонило в банк и направило письмо

Обращаться ли в суд или к вышестоящему руководителю ФССП решать вам поскольку это альтернативный путь защиты своих прав. Выбор пути за вами. Одновременно в оба органа обращаться нельзя, поскольку в этом случае рассматривать вашу жалобу должен будет суд как вышестоящий орган. По подсудности, в связи с тем, что штрафы и исполнительский сбор связаны с осуществлением предпринимательской деятельности, то обращаться в Арбитражный суд.