Если поставлю печать об убытии с Влг, надо ли потом сообщать об прибытии в Омск?

Согласно пункту 31 Порядка, случаев и особенностей оформления, выдачи и использования воинских перевозочных документов, отчетности по ним и организации контроля за их использованием (Приложение N 1 к приказу Министра обороны Российской Федерации от 27 декабря 2017 г. N 815)

Воинские перевозочные документы используются для проезда и (или) перевозки личного имущества только тех лиц, по тому маршруту и в тех целях, которые указаны в воинских перевозочных документах.

В вашем случае необходимо поставить отметки «прибыл-убыл» только в Волгограде, тем самым Вы подтвердите что реализовали ВПД для следования к мету отпуска и обратно. Важно сделать так, чтобы дата отправления из Волгограда к месту службы не была позже трех дней указанной в отпускном билете в отметке «убытие». Т.е. при возможности проследуйте в Омск (там нигде не отмечайтесь) и на обратном пути заедите в Волгоград, поставите отметку и убудете к месту службы, либо из Волгограда следуйте к месту службы, а от туда в Омск самостоятельно.

Ещё один вариант, поставить отметку об убытии в Волгограде, проследовать в Омск, из Омска к месту службы, при этом нереализованный ВПД на обратный путь сдать в воинскую часть. Причиной, по которой Вы не воспользовались ВПД можете указать, что проследовали от Волгограда к месту службы на машине с родственником. Эти мероприятия должны состоятся в рамках Вашего отпуска. С уважением!