Могу ли я вернуть сумму за свои квадратные метры по сертификату и остаться участником НИС

Здравствуйте, Нина!

На каком основании требуют вернуть всю сумму накоплений? У Вас есть письмо/документ-требование? Приложите его и рапорт о включении в НИС к вопросу.

С уважением, Юдакова Екатерина Александровна.

Здравствуйте, Нина!

Согласно ФЗ-117 (2004 года), статьи 9:

3. Основанием для исключения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, из реестра участников является:
(в ред. Федерального закона от 04.06.2014 N 145-ФЗ)

1) увольнение его с военной службы;
2) исключение его из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;
3) исполнение государством своих обязательств по обеспечению военнослужащего в период прохождения военной службы жилым помещением (за исключением жилого помещения специализированного жилищного фонда) иным предусмотренным нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации способом за счет средств федерального бюджета.
(п. 3 введен Федеральным законом от 25.06.2012 N 90-ФЗ)

Т.е, поскольку еще в 2009 году Вы в составе семьи военнослужащего реализовали право на жилье, Вас не должны были включать в реестр участников НИС, либо исключить, что теперь и делается.

Скорее всего, Вы скрыли факт обеспечения жильем (или просто не подали  таковые данные). Возможен и тот вариант, что ДЖО даже не удосужилось проверить по базе законность включения в реестр.

нужно вернуть всю сумму накопленийНина

Не сумму накоплений, а ЦЖЗ