Обязан ли КУ регистрировать подписанный и оплаченный ДКП или это лишь моя проблема?

Добрый день, Ильдар.

Если я правильно понял, вы купили земельный участок. Но на нем оказалось чужое здание. 

Если земельный участок и это здание принадлежали одному лицу (т.е. продавцу), то ваш договор купли-продажи земельного участка может быть признан недействительным, поскольку продажа земельного участка без расположенного на нем здания не допускается. В этом случае вы должны вернуть земельный участок (если вы по акту его получили), а продавец вернуть вам оплату.

Но тут у вас большая проблема может быть: КУ мог деньги уже распределить (потратить). И вернуть ничего не сможет.

Обоснование

п. 4 ст. 35 ЗК РФ

Не допускается отчуждение земельного участка без находящихся на нем здания, сооружения в случае, если они принадлежат одному лицу.

ст. 168 ГК РФ

1. За исключением случаев, предусмотренных пунктом 2 настоящей статьи или иным законом, сделка, нарушающая требования закона или иного правового акта, является оспоримой, если из закона не следует, что должны применяться другие последствия нарушения, не связанные с недействительностью сделки.

ст. 167 ГК  РФ

2. При недействительности сделки каждая из сторон обязана возвратить другой все полученное по сделке, а в случае невозможности возвратить полученное в натуре (в том числе тогда, когда полученное выражается в пользовании имуществом, выполненной работе или предоставленной услуге) возместить его стоимость, если иные последствия недействительности сделки не предусмотрены законом.