Как производится оплата больничного во время отпуска?

Здравствуйте, Сергей.

В соответствии со статьей 124 Трудового кодекса РФ  если сотрудник был в отпуске на больничном, отпуск или продлевается, или переносится на другой срок.

Вам должны оплатить и отпуск и больничный лист. 

Если я правильно поняла, то Вы весь период отпуска находитесь на больничном. При этом Работодатель еще не знает будете ли Вы продлевать отпуск или перенесете его на другой период. Поэтому, абсолютно правомерно, сделан зачет выплат по больничному в счет уже оплаченных отпускных.

Когда Вы решите использовать неотгулянный отпуск, Вам будут вновь начислены отпускные.