Должно ли физ лицо платить подоходный налог в двух странах: России и Казахстане?

Здравствуйте!

уплаченный в Казахстане налог идет в зачет подлежащего уплате Вами НДФЛ в РФ, поэтому ФНС права требуя уплатить 3% (НДФЛ 13% — 10% уплаченных в Казахстане)

Статья 232. Устранение двойного налогообложения
 

1. Фактически уплаченные физическим лицом — налоговым резидентом Российской Федерации за пределами Российской Федерации в соответствии с законодательством других государств суммы налога с доходов, полученных в иностранном государстве, не засчитываются при уплате налога в Российской Федерации, если иное не предусмотрено соответствующим международным договором Российской Федерации по вопросам налогообложения.
В случае, если международным договором Российской Федерации по вопросам налогообложения предусмотрен зачет в Российской Федерации суммы налога, уплаченного физическим лицом — налоговым резидентом Российской Федерации в иностранном государстве с полученных им доходов, такой зачет производится налоговым органом в порядке, установленном пунктами 2 — 4 настоящей статьи.

Конвенция между Правительством РФ и Правительством Республики Казахстан от 18.10.1996 «Об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал»

Статья 23
Устранение двойного налогообложения
 
…
2. В России двойное налогообложение будет устраняться следующим образом: если резидент России получает доход или владеет капиталом в Казахстане, которые в соответствии с положениями настоящей Конвенции могут облагаться налогом в Казахстане, сумма налога на этот доход или капитал, уплачиваемая в Казахстане, может быть вычтена из налога, взимаемого с этого резидента в России. Такой вычет, однако, не будет превышать российского налога, исчисленного с такого дохода или капитала в России в соответствии с ее налоговыми законами и правилами.