Могу ли дальше работать на корабле под иностранным флагом?

Вы не можете пересекать границу Российской Федерации и находится в пунктах пропуска через Государственную границу.

Федеральный закон от 31 июля 1998 г. N 155-ФЗ
«О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне Российской Федерации

Внутренние морские воды являются составной частью территории Российской Федерации.К внутренним морским водам относятся воды портов Российской Федерации.

Закон РФ от 1 апреля 1993 г. N 4730-I
»О Государственной границе Российской Федерации"

ст.11

Не подлежат пропуску через Государственную границу иностранные граждане и лица без гражданства, которым в соответствии с законодательством Российской Федерации не разрешен въезд в Российскую Федерацию, а также лица, в отношении которых в установленном законодательством Российской Федерации порядке принято решение о запрещении выезда из Российской Федерации.

Посадка пассажиров в транспортные средства при убытии из Российской Федерации и высадка при прибытии в Российскую Федерацию, а также погрузка (выгрузка) багажа, почты и грузов производятся с разрешения пограничных и таможенных органов.

Закон РФ от 1 апреля 1993 г. N 4730-I
«О Государственной границе Российской Федерации»

ст. 14

Иностранные граждане и лица без гражданства, не имеющие статуса лиц, проживающих или пребывающих на территории Российской Федерации, пересекшие Государственную границу с территории иностранного государства, при наличии в их действиях признаков преступления или административного правонарушения привлекаются к ответственности, предусмотренной законодательством Российской Федерации.