Вопрос в итоге, что мне делать, как правильно оформить отказ?

Альфия, добрый день.

А сын Ваш был признан умершим или в суд вы еще не обращались?

Пока он не признан умершим в установленном порядке, Вы можете рассчитывать на получение денежного довольствия сына.

В силу Постановления Правительства РФ от 14 июля 2000 г. N 524 «Об отдельных выплатах военнослужащим и членам их семей» вам полагается к выплате 

ежемесячно выплачивается денежное довольствие, в том числе месячные и иные дополнительные выплаты, в размерах, причитающихся военнослужащему ко дню безвестного отсутствия.

Его выплата производится в случае отсутствия у Вашего сына супруги и детей.

Выплата довольствия осуществляется в равных долях между обоими родителями.

Выплата  производится на основании приказа соответствующего командира о факте пропажи без вести военнослужащего.

Отказ от ее осуществления ничем не урегулирован, поэтому отец может в произвольной форме написать заявление на имя командира части.

В заявлении указывается, что на момент пропажи без вести сына, он с ним фактически не проживал, в связи с чем у него не возникает право на ее получение. На этом основании он отказывается т выплат в Вашу пользу.

Заявление может быть подано через военкомат. 

Добрый день. Согласно ФЗ от 07.11.2011  номер 306 О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат. Если военнослужащий не состоял в браке, не имел детей и иных лиц, находящихся на его иждивении, то право на получение выплат возникает у его родителей в равных долях.

Законодательство не предполагает отказа от выплаты. Отец формально вправе просто не обращаться за выплатой.

При отказе Вам в выплате, потребуйте письменного пояснения от военкомата.