Доход в этом случае считается только с моих доходов как физ лица?

У меня открыто ИП по УСН. Одна компания хочет сотрудничать со мной по договору ГПХ как с физ лицом.

 Здравствуйте.

На самом деле, если Вы намерены оказывать услуги, которые оказываете и в рамках ИП, то невключение в налогооблагаемую базу по УСН сумм, которые Вы получили в рамках договора с этой компанией, будет рассматриваться как ее занижение. Поэтому в таком случае Вы должны выступать не как физлицо. Если же это какой-то вид деятельности (оказание услуг), который Вы не осуществляете в качестве ИП, то Вы можете заключить договор ГПХ как физлицо. 

Буду исходить из второго варианта. 

1. Кто оплачивает в этом случае налоги и прочие взносы — я как физ лицо или заказчик-организация?

 В случае, если Вы заключаете договор как физлицо и оказываете иные услуги в сравнении с тем видом деятельности, который Вы осуществляете как ИП, то налоги и взносы за Вас будет платить Ваш контрагент. 

2. При условии что по ИП у меня продолжаются поступления, не возникнет ли ко мне вопросов со стороны налоговой?

 Как уже было сказано выше, вопрос может возникнуть в случае, если Вы будете заниматься той же деятельностью что и в рамках ИП. Но даже и в этом случае не исключено, что Вам придется объясняться с налоговым органом, по каким причинам Вы не включили данный доход в налогооблагаемую по УСН базу.

3. Заказчик обмолвился фразой, что по договору я сама решаю вопрос оплаты налогов. По тому что удалось найти по этому вопросу, это 13% до 5 млн в год дохода и 15% сверх суммы. Доход в этом случае считается только с моих доходов как физ лица?

 Это неправильно. Если Вы заключаете договор как физлицо, то все налоги и платежи (если этот заказчик в РФ) уплачивает именно он, поскольку он является налоговым агентом. Налоговый агент по НДФЛ – лицо, являющееся источником выплаты доходов налогоплательщику. Он обязан исчислить, удержать у налогоплательщика и перечислить налог в бюджет (п. 1 ст. 24, п. 1 ст. 226 НК РФ). 

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.