Теперь всю эту неустойку будет оплачивать бухгалтер?

Добрый день!

В данном случае, ответственность за нарушение договорных обязательств несет ООО, ответственность бухгалтера зависит от условий трудового Договора, должностной инструкцией, также существует Договор о полной материально ответственности, но бухгалтер не включён в перечень должностей и работ, с которыми работодатель может заключать письменные договоры о полной индивидуальной материальной ответственности (Постановление Минтруда РФ от 31.12.2002 № 85).  

В случае доказанности вины в причинении материального  ущерба организации работник несет материальную ответственность в пределах своего среднего месячного заработка (ст. 241 ТК РФ). При этом должен быть соблюден порядок взыскания ущерба и работник согласен добровольно возместить причиненный работодателю ущерб (ст. 248 ТК РФ). Что касается более крупных сумм, то только в судебном порядке. Кроме того обязанность Директора контролировать работу всех сотрудников.