Имеет ли право работодатель требовать на хранение мой загранпаспорт

Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 17.06.2019) «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.07.2019)

Статья 15. Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:

1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.

В данном случае, речь идет о первой форме допуска и о второй. С третей формой допуска вы не можете работать с данной документацией и допуска к ней не имеете. По поводу документации имеющей гриф «секретно» речи не идет. Поэтому и выезд за границу не ограничен, то и загран паспорт вы не должны сдавать.