Оплата простоя в нынешних условиях

А не противоречит ли это указу Президента, который обещал сохранение средней з/п?

С учетом специфики деятельности Вашей организации могу предположит, что организация относиться к перечню тех  на которых Указ президента не распространяется, а соответственно и на работников таких организаций.

4. Настоящий Указ не распространяется на следующие организации (работодателей и их работников):
а) непрерывно действующие организации;
б) медицинские и аптечные организации;
в) организации, обеспечивающие население продуктами питания и товарами первой необходимости;
г) организации, выполняющие неотложные работы в условиях чрезвычайной ситуации и (или) при возникновении угрозы распространения заболевания, представляющего опасность для окружающих, в иных случаях, ставящих под угрозу жизнь, здоровье или нормальные жизненные условия населения;
д) организации, осуществляющие неотложные ремонтные и погрузочно-разгрузочные работы;
е) организации, предоставляющие финансовые услуги в части неотложных функций (в первую очередь услуги по расчетам и платежам);
ж) иные организации, определенные решениями высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации исходя из санитарно-эпидемиологической обстановки и особенностей распространения новой коронавирусной инфекции (COVID-19) в субъекте Российской Федерации.