Далее отработал 1.5 года и забрали проходить срочную службу в ВС РФ

в соответствии с п.3 ст. 12.1 Федерального закона от 29.11.2010 N 326-ФЗ (ред. от 26.07.2019) «Об обязательном медицинском страховании в Российской Федерации» установлено, что договор с мед.работником предусматривает: 

в) возврат медицинским работником в бюджет субъекта Российской Федерации части единовременной компенсационной выплаты в случае прекращения трудового договора с учреждением до истечения пятилетнего срока (за исключением случаев прекращения трудового договора по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77, пунктами 1, 2 и 4 части первой статьи 81, пунктами 1, 2, 5, 6 и 7 части первой статьи 83 Трудового кодекса Российской Федерации), рассчитанной с даты прекращения трудового договора, пропорционально неотработанному медицинским работником периоду;

А вот как раз п.1 ст. 83 ТК РФ предусмотрено, что: 

Трудовой договор подлежит прекращению по следующим обстоятельствам, не зависящим от воли сторон:
1) призыв работника на военную службу или направление его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу;

Т.е. с вами вобще должны были расторгнуть договор полностью и без условия возврата полученной вами денежной компенсации. Если договор не был расторгнут, то в настоящий момент есть смысл потребовать его расторжения.