Как уйти от обязательств выплачивать подъемные в связи с нарушением моих трудовых отношений?

на 1 июня 2019 года, но дополнительного соглашения я не заключала на 0.78 ставки, 

Здесь Вы верно подметили, любое изменение должно быть оформлено с согласия работника путем заключения с ним дополнительного соглашения к трудовому договору и приказом с которым его обязаны ознакомить под роспись.

Только вот если Вы все же остались работать на условиях 18 часов, такого допсоглашения быть не должно, при 18 часах Вам обязаны платить полную ставку, это следует из приведенного выше ведомственного приказа.

Статья 72 Трудового кодекса Рф:

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.

Статья 22 Трудового кодекса Рф:

Работодатель обязан:
знакомить работников под роспись с принимаемыми локальными нормативными актами, непосредственно связанными с их трудовой деятельностью;

полагается ли компенсация по сокращению с филиала за последующие 3 месяца,

Если речь идет о выходных пособиях, то они платятся на период трудоустройства, т.е. тем кто не работает после увольнения, и тем кто работал  на условиях совместительства внутреннего или внешнего, т.е. по отдельному трудовому договору.

Статья 178 Трудового кодекса РФ:

При расторжении трудового договора в связи… сокращением численности или штата работников организации... увольняемому работнику выплачивается выходное пособие в размере среднего месячного заработка, а также за ним сохраняется средний месячный заработок на период трудоустройства, но не свыше двух месяцев со дня увольнения (с зачетом выходного пособия).
В исключительных случаях средний месячный заработок сохраняется за уволенным работником в течение третьего месяца со дня увольнения по решению органа службы занятости населения при условии, если в двухнедельный срок после увольнения работник обратился в этот орган и не был им трудоустроен.

Т.е. первое сразу за один месяц, второе после увольнения через месяц, а третье только если работника в течении двух недель встал на учет в службу занятости где ему не нашли подходящей работы, по решению службы занятости о выплате выходного пособия за третий месяц.

Но Вы ведь работаете по основной должности.

 и является ли 0.78 ставки нарушением?

Если Вы работаете 18 часов в неделю по основной должности, то является. обязаны платить ставку, выше я уже указал на это.