Может ли в данном случае быть заявителем - физическое лицо?

Лучше поставить 01 - руководитель постоянно действующего органа.Он же будет подавать и не забудьте, что эту форму необходимо заверить у нотариуса.

Добрый день, Дмитрий!
Необходимость указания участника компании в качестве заявителя прямо предусмотрена законом для некоторых типов регистраций (например при купле-продаже доли, залоге доли, ранее была предусмотрена для выхода участника из компании).
Для понимания, возможно ли это в Вашем случае, нужно знать, какие именно изменения Вы хотите внести.