Что предпринять, если узнал о выговоре через 3 месяца по результатам проверки трудовой инспекции?

Можете.

ТК РФ Статья 384. Образование комиссий по трудовым спорам
Комиссии по трудовым спорам образуются по инициативе работников (представительного органа работников) и (или) работодателя (организации, индивидуального предпринимателя) из равного числа представителей работников и работодателя. Работодатель и представительный орган работников, получившие предложение в письменной форме о создании комиссии по трудовым спорам, обязаны в десятидневный срок направить в комиссию своих представителей.
Представители работодателя в комиссию по трудовым спорам назначаются руководителем организации, работодателем — индивидуальным предпринимателем. Представители работников в комиссию по трудовым спорам избираются общим собранием (конференцией) работников или делегируются представительным органом работников с последующим утверждением на общем собрании (конференции) работников.
По решению общего собрания работников комиссии по трудовым спорам могут быть образованы в структурных подразделениях организации. Эти комиссии образуются и действуют на тех же основаниях, что и комиссии по трудовым спорам организации. В комиссиях по трудовым спорам структурных подразделений организаций могут рассматриваться индивидуальные трудовые споры в пределах полномочий этих подразделений.
Комиссия по трудовым спорам имеет свою печать. Организационно-техническое обеспечение деятельности комиссии по трудовым спорам осуществляется работодателем.
Комиссия по трудовым спорам избирает из своего состава председателя, заместителя председателя и секретаря комиссии.

Не только может, обязан.