Как правильно определить долю в наследственной массе?

Здравствуйте! Помогите внести ясность. После смерти мамы делится наследственная масса, а именно: 1/2 квартиры (была приватизирована на отца и маму по 1/2 каждому), которая по ее завещанию делится между моим братом и его дочерью (т.е. внучкой мамы) по 1/2 каждому, и вклад в сумме около 700000 ( по банковскому завещательному распоряжению оформлен на меня - дочь), плюс 6000 на старых сберкнижках, которые не завещаны. Т.к. папа и я - пенсионеры, то от 1/2 квартиры мы имеем право на обязательную долю- это по 1/6 от 1/ 2 квартиры. Наследство я приняла и все другие тоже. Нотариус стала определять размер наследственной массы. Она заявила, что т.к. мне завещан вклад, то моя доля в квартире как бы "пропадает", т.е. исчисляется в деньгах, а сумма эта покрывается из вклада. Я никак не могу взять в толк, почему моя доля исчезает. Ведь никто не заявил, что хочет получить свою долю в деньгах и квартиру никто не продает, т.к. это единственное жилье, где проживает папа и брат. Я с ними не проживаю,как и племянница. Я хочу сохранить просто право на эту долю в квартире в силу определенных причин ( опасаюсь, что после смерти папы племянница попытается выселить своего отца из квартиры, а я бы встала на его сторону со своей долей) и вообще не понятно, почему моя доля в денежном выражении должна покрываться вкладом, завещанным мне , а не идти плюсом? То, что вклад я должна разделить с папой не вызывает у меня вопросов - ведь это их накопления. Может мне следовало отказаться от наследования вклада, тогда я сохранила бы долю в квартире? Но говорят, что отменить уже нельзя. Да и почему, собственно, отказываться? Я никак не пойму, каким образом связаны квартира и вклад - это разные вещи.Что положено- отдайте- и долю в квартире и 1/2 вклада. Разве нет?