Увольнение с ВС по контракту при непредоставлении учебных отпусков

Здравствуйте, Евгений! Нет, скорее всего не будет являться основанием. Почему скорее всего — потому что все решается в каждом конкретном случае::

ФЗ-53 статья 51 п. 3. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, имеет право на досрочное увольнение с военной службы:
а) в связи с существенным и (или) систематическим нарушением в отношении него условий контракта;

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29.05.2014 N 8

Существенным нарушением условий контракта со стороны федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, может быть признано такое нарушение, из-за которого военнослужащий лишился возможности осуществлять свои конституционные права, либо нарушение, лишающее военнослужащего или членов его семьи возможности воспользоваться наиболее значимыми для них правами, социальными гарантиями и компенсациями, предусмотренными законодательством о порядке прохождения военной службы и статусе военнослужащих.
При разрешении заявлений об оспаривании отказа в увольнении с военной службы в связи с нарушением условий контракта о прохождении военной службы со стороны федерального органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, вопрос о том, являются ли допущенные в отношении военнослужащего нарушения условий контракта существенными, должен решаться судом индивидуально по каждому конкретному делу с учетом таких обстоятельств, как семейное и материальное положение военнослужащего, место его военной службы и условия ее прохождения, а также других данных.Систематическим нарушением условий контракта должны признаваться многократные нарушения предусмотренных законодательством о статусе военнослужащих прав военнослужащего (повторяющиеся более двух раз) в течение непродолжительного времени.

Если Вам предоставлялся очередной отпуск, совпадающий с сессией, то особых нарушений тут нет.