Что грозит руководителю организации, если произошёл несчастный случай?

Доброе утро!
Для правильного понимания ситуации нужно исходить из того, что ИП — это не «организация» и не «компания». Это человек, зарегистрированный в таком качестве в ИФНС. Соответственно, ИП не имеет никакого «руководителя». 
Поэтому нормы, регламентирующие охрану труда для организаций ЮЛ, для ИП применимы не в полной мере. Но ИП, являясь работодателем, обязан тем не менее обеспечивать охрану труда.
Вашу фразу «произошел несчастный случай сотрудником этой организации» видимо следует понимать так, что работник ИП производил работы по выгрузке и вследствие нарушения правил охраны труда произошел несчастный случай с гибелью работника сторонней организации или ИП?
В данном случае могут быть усмотрены признаки преступления, предусмотренного частью второй ст. 143 ТК РФ.
Сотрудниками СК РФ во взаимодействии с трудовой инспекцией будет проведена проверка, по результатам которой будет принято решение о возбуждении уголовного дела или об отказе в возбуждении уголовного дела. 
ИП необходимо обратить внимание на положения ст. ст. 228, 228.1 ТК РФ о действиях при несчастном случае и направлении извещения в соответствующие ведомства.
Расследование несчастного случая (не путать с проверкой в порядке ст. ст. 144, 145 УПК РФ) будет производится трудовой инспекцией. Будет обращено внимание на наличие документации по охране труда у ИП, проходил ли он сам обучение по охране труда, проводились ли инструктажи работников по охране труда и т.п. 

Статья 143 УК РФ. Нарушение требований охраны труда

1. Нарушение требований охраны труда, совершенное лицом, на которое возложены обязанности по их соблюдению, если это повлекло по неосторожности причинение тяжкого вреда здоровью человека, — наказывается штрафом в размере до четырехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до одного года, либо лишением свободы на тот же срок с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до одного года или без такового.
2. Деяние, предусмотренное частью первой настоящей статьи, повлекшее по неосторожности смерть человека, — наказывается принудительными работами на срок до четырех лет либо лишением свободы на тот же срок с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

Статья 229 ТК РФ. Порядок формирования комиссий по расследованию несчастных случаев
Несчастный случай, происшедший с лицом, выполнявшим работу на территории другого работодателя, расследуется комиссией, образованной работодателем (его представителем), по поручению которого выполнялась работа, с участием при необходимости работодателя (его представителя), за которым закреплена данная территория на правах собственности, владения, пользования (в том числе аренды) и на иных основаниях.

Здравствуйте, на основании собранных материалов расследования комиссия  устанавливает обстоятельства и причины несчастного случая, а также лиц, допустивших нарушения требований охраны труда, причин несчастного случая, определяет, были ли действия (бездействие) пострадавшего в момент несчастного случая обусловлены трудовыми отношениями с работодателем, квалифицирует несчастный случай как несчастный случай на производстве или как несчастный случай, не связанный с производством. К несчастному случаю, не связанным с производством относится-смерть вследствие общего заболевания или самоубийства, подтвержденная в установленном порядке соответственно медицинской организацией, органами следствия или судом; -смерть или повреждение здоровья, единственной причиной которых явилось по заключению медицинской организации алкогольное, наркотическое или иное токсическое опьянение (отравление) пострадавшего, не связанное с нарушениями технологического процесса, в котором используются технические спирты, ароматические, наркотические и иные токсические вещества; (ст. 229.2 ТК РФ); несчастный случай, произошедший при совершении пострадавшим действий (бездействия), квалифицированных правоохранительными органами как уголовно наказуемое деяние. Согласно ст. 184 ТК РФ: При повреждении здоровья или в случае смерти работника вследствие несчастного случая на производстве либо профессионального заболевания работнику (его семье) возмещаются его утраченный заработок (доход), а также связанные с повреждением здоровья дополнительные расходы на медицинскую, социальную и профессиональную реабилитацию либо соответствующие расходы в связи со смертью работника. Виды, объемы и условия предоставления работникам гарантий и компенсаций в указанных случаях определяются федеральными законами. В случае, если комиссией будет установлено. что несчастный случай произошел на производстве, то предусмотрена следующая ответственность  УК РФ: Статья 143. Нарушение требований охраны труда

1. Нарушение требований охраны труда, совершенное лицом, на которое возложены обязанности по их соблюдению, если это повлекло по неосторожности причинение тяжкого вреда здоровью человека, -

наказывается штрафом в размере до четырехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до одного года, либо лишением свободы на тот же срок с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до одного года или без такового.

2. Деяние, предусмотренное частью первой настоящей статьи, повлекшее по неосторожности смерть человека, -

наказывается принудительными работами на срок до четырех лет либо лишением свободы на
тот же срок с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

3. Деяние, предусмотренное частью первой настоящей статьи, повлекшее по неосторожности смерть двух или более лиц, -

наказывается принудительными работами на срок до пяти лет либо лишением свободы на тот же срок с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

Примечание. Под требованиями охраны труда в настоящей статье понимаются государственные нормативные требования охраны труда,
содержащиеся в федеральных законах и иных нормативных правовых актах Российской Федерации, законах и иных нормативных правовых актах субъектов Российской Федерации.

В данном случае нужно изучать все обстоятельства происшествия, имеющиеся документы о распределении ответственности. Если нет состава преступления, то речь может идти о возмещении ущерба в гражданском процессе.

Здравствуйте! Кто конкретно виновен в нарушении правил охраны труда, будет установлено комиссией и изложено в акте Н1. Из пары предложений сложно восстановить картину произошедшего, нужно знать, что за работы производились, кто отвечал за их производство, кто в целом отвечал за охрану труда. Но, как правило, на руководство фирм и на ИП такие обязанности не возлагаются, обычно есть специалист, инженер и т.д. по охране труда, и в его должностных обязанностях прописан комплекс действий по организации охраны труда на предприятии.