Что делать, если хотят посадить на гауптвахту без доказательств?

Медицинское освидетельствование включает в себя следующие осмотры врачами-специалистами, инструментальное и лабораторные исследования:
а) осмотр врачом-специалистом (фельдшером);
б) исследование выдыхаемого воздуха на наличие алкоголя;
в) определение наличия психоактивных веществ в моче;
г) исследование уровня психоактивных веществ в моче;
д) исследование уровня психоактивных веществ в крови.

Медицинское заключение «установлено состояние опьянения» выносится в случае освидетельствовании лиц, при положительном результате повторного исследования выдыхаемого воздуха на наличие алкоголя или при обнаружении по результатам химико-токсикологических исследований в пробе биологического объекта одного или нескольких наркотических средств и (или) психотропных веществ

В вашем случае необходимо обжаловать принятое по вам решение командира о наложении на вас дисциплинарного взыскания в виде ареста в судебном порядке или подать жалобу в прокуратуру.

Добрый день! Согласно ПРИКАЗА МИНИСТЕРСТВО ЗДРАВООХРАНЕНИЯ
РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
от 18.12.15 N 933н п. 4 гл. 1 Медицинское освидетельствование включает в себя следующие осмотры врачами-специалистами, инструментальное и лабораторные исследования:
а) осмотр врачом-специалистом (фельдшером);
б) исследование выдыхаемого воздуха на наличие алкоголя;
в) определение наличия психоактивных веществ в моче;
г) исследование уровня психоактивных веществ в моче;
д) исследование уровня психоактивных веществ в крови. Согласно п.п. 4 п.5 гл. 2 указанного приказа Медицинское освидетельствование проводится в отношении военнослужащего или гражданина, призванного на военные сборы, в целях выявления состояния опьянения — на основании протокола о применении мер обеспечения производства по материалам о дисциплинарном проступке, составленного в соответствии с требованиями приложения N 6 к дисциплинарному уставу Вооруженных Сил Российской Федерации должностным лицом воинской части, гарнизона или органа военной полиции. Согласно п. 9 гл. 3 Приказа После указания в Акте персональных данных освидетельствуемого проведение медицинского освидетельствования во всех случаях начинается с первого исследования выдыхаемого воздуха на наличие алкоголя, после которого врачом-специалистом (фельдшером) производится сбор жалоб, анамнеза и осмотр в целях выявления клинических признаков опьянения. Согласно п. 10 гл. 3 Приказа Для исследования выдыхаемого воздуха на наличие алкоголя используются технические средства измерения, тип которых внесен в Федеральный информационный фонд по обеспечению единства измерений <1>, обеспечивающие запись результатов на бумажном носителе и поверенные в порядке, установленном федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в области обеспечения единства измерений. Таким образом, Вам необходимо обжаловать данное решение о привлечении Вас к  ответственности, в связи с нарушением норм действующего законодательства (утверждённой процедуры и порядка проведения подобных освидетельствований). Рекомендую Вам обратиться к квалифицированному юристу, который поспособствует к достижению поставленных Вами целей.