Возможны ли проблемы, если руководитель является участником нескольких юр лиц?

Здравствуйте, все зависит от того, какая репутация у этих юридических лиц, есть ли в отношении эти юр лиц суды, может быть сама организация- «помойка».Так сразу не скажешь.

Федеральный закон от 08.02.1998 N 14-ФЗ (ред. от 03.07.2016) «Об обществах с ограниченной ответственностью» (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2017)Статья 40. Единоличный исполнительный орган общества

Путеводитель по корпоративным спорам. Вопросы толкования и применения ст. 40

1. Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества. Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также не из числа его участников.
Договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного совета) общества.
(п. 1 в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)