Правомерно ли при увольнении удержали расходы за обучение, при наличии доп соглашения?

Ну, скажем так, судебная практика на Вашей стороне.

Действительно, согласно ст. 249 ТК РФ:

В случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.

Однако суды преимущественно трактуют данную норму как право сторон предусмотреть более мягкие для работника условия компенсации ущерба работодателя, а не наоборот

Определение СК по гражданским делам Верховного Суда РФ от 28 сентября 2012 г. N 56-КГ12-7

Условие ученического договора, в котором предусмотрено полное возмещение работником стоимости обучения, а не пропорционально отработанному после окончания обучения времени, ухудшает положение работника и противоречит требованиям статьи 249 Трудового кодекса Российской Федерации.

Апелляционное определение СК по гражданским делам Пермского краевого суда от 29 апреля 2015 г. по делу N 33-4284/2015

Условия ученического договора о полном возмещении денежных средств, перечисленных работодателем на оплату обучения работника, то есть вне зависимости от факта досрочного прекращения трудового договора и от фактически отработанного работником времени после окончания обучения, ухудшают положение работника по сравнению с нормами действующего трудового законодательства данные условия ученического договора не могут применяться в силу того, что предусматривают повышенную ответственность работника, что противоречит нормами ТК РФ.

Апелляционное определение СК по гражданским делам Томского областного суда от 1 апреля 2014 г. по делу N 33-879/2014

Условие ученического договора, в котором предусмотрено полное возмещение работником стоимости обучения, а не пропорционально отработанному после окончания обучения времени, ухудшает положение работника и противоречит требованиям статьи 249 Трудового кодекса Российской Федерации.

Апелляционное определение СК по гражданским делам Ставропольского краевого суда от 11 марта 2014 г.

Условие ученического договора, в котором предусмотрено полное возмещение работником стоимости обучения, а не пропорционально отработанному после окончания обучения времени, ухудшает положение работника и противоречит требованиям статьи 249 Трудового кодекса Российской Федерации.