Заплатила транспортный налог за брата со своей карты и деньги не зачисляются

Обязанность платить налог личная, ее нельзя передать.

Поскольку плательщик Вы, платеж зачислен на Ваш лицевой счет.

Статья 45. Исполнение обязанности по уплате налога или сбора
[Налоговый кодекс РФ] [Глава 8] [Статья 45]
1. Налогоплательщик обязан самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога, если иное не предусмотрено законодательством о налогах и сборах. Обязанность по уплате налога на прибыль организаций по консолидированной группе налогоплательщиков исполняется ответственным участником этой группы, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.
Обязанность по уплате налога должна быть выполнена в срок, установленный законодательством о налогах и сборах. Налогоплательщик вправе исполнить обязанность по уплате налога досрочно.

Вашему брату придется исполнять обязанность самостоятельно, а Вы можете вернуть уплаченные в порядке предусмотренном 78 НК РФ путем подачи заявления.