Закончилась регистрация пребывания в России, могут ли отказать в РВП, если документы были отданы заранее?

Здравствуйте!

Полагаю, что в Вашем случае нет оснований для отказа в выдаче РВП.
Основания для отказа перечислены в статье 7 Федерального закона от 25.07.2002 N 115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации».
Ваш случай в ней не указан.
В любом случае отказ Вы вправе обжаловать.

4. Решение территориального органа федерального органа исполнительной власти в сфере миграции об отказе в выдаче иностранному гражданину разрешения на временное проживание или об аннулировании ранее выданного ему разрешения на временное проживание может быть обжаловано данным иностранным гражданином в федеральный орган исполнительной власти в сфере миграции или в суд в течение трех рабочих дней со дня получения данным иностранным гражданином уведомления о принятии соответствующего решения. В период рассмотрения жалобы данного иностранного гражданина он не утрачивает право на временное пребывание в Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных федеральным законом. Копии решения федерального органа исполнительной власти в сфере миграции по жалобе данного иностранного гражданина в течение трех рабочих дней со дня принятия такого решения направляются в территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере миграции, вынесший обжалуемое решение, и данному иностранному гражданину.