Законен ли отказ от возмещения НДС на полную сумму?

1. 19.01.2012г. была подана декларация по налогу на добавочную стоимость за 4 кв. 2011 г. в ИФНС через окно по работе с налогоплательщиками, что подтверждается отметкой налогового органа на декларации. Сумма налога, исчесленная к возмещению была указана в сумме 0.00 руб.

2. 30.07.2013г. была подана декларация по налогу на добавленную стоимость за 4 кв. 2011 г. с корректировкой N1 через ТКС (средство телекоммуникационной связи), что подтвреждается квитанцией о приеме налоговой декларации в электронном виде. Сумма налога, исчисленная к возмещению из бюджета по декларации была укащана в сумме 520 490,00 руб. 21.01.2014 г. ИФНС вынесло решение о возмещении полностью суммы налога на добавленную стоимость, заявленной к возмещению в размере 520490 руб. за 4 квартал 2011г. Данные средства были перечислены на расчетный счет налогоплательшика платежным поручением 28 мая 2014г. в полном объеме.

3. 20.01.2015 г. была подана декларация по налогу на добавленную стоимость за 4 кв. 2011г. с корректировкой N2 в ИФНС через ТКС, что подтверждается квитанцией о приеме налоговой декларации в электронном виде. Сумма налога исчисленная к возмещению из бюджета по декларации указана в сумме 1306228 руб за 4 кв. 2011г. 06.05.2015г. ИФНС вынесло решение об отказе в возмещении полностью суммы в размере 1306228 руб. Основанием для отказа послужил факт подачи уточненной декларации за пределами 3-летнего срока.

4. 19.08.2015 г. ООО уплатило в бюджет сумму возмещенного налога на добавленную стоимость в размере 520 490руб. ранее полученных из бюджета, а также пеней в сумме 1959,67 руб. Возврат был осуществлен в соответствии с требованием об уплате суммы налога, а также пеней и штрафов от 05.08.2015г.

Вопросы:

- Законен ли отказ от возмещения ндс на полную сумму заявленных вычетов, если ранее вынесено решение об их возмещении и денежные средства были перечислены?

- Законна ли отмена ранее вынесенного решения о возмещение ндс в размере 420490 руб. и выставление требования о возврате суммы с начислением пеней?

- Законен ли отказ от возмещения суммы 1306228 руб с мотивацией “подача за пределами 3-етнего срока”, если корректировочная декларация была подана 30.07.2013?

- Возможно ли обжаловать данное решение налогового органа, или срок подачи возражений истек?