Муж подполковник запаса ФСБ ( пограничник), в июне вышел на пенсию по выслуге лет( ему 50 лет)

Теоретически конечно могут. По здоровью, например. В случае явных нарушений здоровья. Но учитывая, что Ваш супруг до недавнего времени служил и соответственно серьезных проблем со здоровьем не испытывал, то скорее всего его возьмут на службу по контракту. 

Требования для поступления на военную службу по контракту нормативно регулируются ст. 33 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе»:

Гражданин (иностранный гражданин), поступающий на военную службу по контракту, должен владеть государственным языком Российской Федерации, а также соответствовать медицинским и профессионально-психологическим требованиям военной службы к конкретным военно-учетным специальностям. Для определения соответствия гражданина установленным требованиям проводятся медицинское освидетельствование и мероприятия по профессиональному психологическому отбору.

Кроме того, он также должен соответствовать требованиям по уровню:

образования;

квалификации;

физической подготовки.

Иных требований и ограничений закон не предусматривает. 

Всего Вам хорошего.