Отличия между региональной и межрегиональной организациями

Здравствуйте! 

Статья 14 Федерального закона от 19.05.1995 N 82-ФЗ «Об общественных объединениях» раскрывает содержание вашего вопроса.

Статья 14. Территориальная сфера деятельности российских общественных объединений

В Российской Федерации создаются и действуют общероссийские, межрегиональные, региональные и местные общественные объединения.
Под общероссийским общественным объединением понимается объединение, которое осуществляет свою деятельность в соответствии с уставными целями на территориях более половины субъектов Российской Федерации и имеет там свои структурные подразделения — организации, отделения или филиалы и представительства.
Под межрегиональным общественным объединением понимается объединение, которое осуществляет свою деятельность в соответствии с уставными целями на территориях менее половины субъектов Российской Федерации и имеет там свои структурные подразделения — организации, отделения или филиалы и представительства.
Под региональным общественным объединением понимается объединение, деятельность которого в соответствии с его уставными целями осуществляется в пределах территории одного субъекта Российской Федерации.
Под местным общественным объединением понимается объединение, деятельность которого в соответствии с его уставными целями осуществляется в пределах территории органа местного самоуправления.

Таким образом отличие содержится в количестве субьектов РФ в которой открыты структурные подразделения. Региональная действует только на территоррии одного судьекта (Региона)

В отношении правил регистрации — обьемный материал, вам нужно определеиться для начала в с формой и видом деятельности.

Статья 7. Организационно-правовые формы общественных объединений

Общественные объединения могут создаваться в одной из следующих организационно-правовых форм:
общественная организация;
общественное движение;
общественный фонд;
общественное учреждение;
орган общественной самодеятельности;
политическая партия.