Что мне делать в этой ситуации

Здравствуйте! Если есть переписка и другие доказательства того, что курсы Вам были предоставлены, то их можно предоставить в суде в качестве доказательств. Также согласно ст. 160 ГК РФ  форма сделки как письменная считается соблюденной также в случае совершения ее  с помощью электронных средств( посредством переписки в электронном виде). 

Вам необходимо для начала направить досудебную претензию, с указанием требования по выдаче сертификата.

Если добровольно данное требование не будет исполнено необходимо обращаться в суд.

Если Вам нужна дополнительная консультация,  составление претензии — Вы можете написать мне в чат.
Хорошего дня!