Подскажите пожалуйста что делать в данной ситуации?

Алина, добрый день! К сожалению, ваш украинский паспорт в данной ситуации считается недействительным документом, удостоверящим личность. При таком положении дел вам правомерно отказали в получении гражданства РФ.

Попробуйте обратиться в консульство, если оно ещё действует.

Следует обратиться в отдел по вопросам миграции ОМВД России по месту жительства с заявлением о проведении процедуры установления личности. После получения заверенной копии заключения, при условии постановки на миграционный учёт по месту пребывания, следует обратиться в отдел по вопросам беженцев, временного убежища и вынужденных переселенцев УВМ ГУ МВД России с заявлением о предоставлении временного убежища на территории Российской Федерации. Свидетельство о предоставлении временного убежища будет документом, удостоверяющим личность.

Либо есть такой вариант:

1) Писать обращение с описанием вашей личной ситуации в произвольной форме на имя Казаковой Валентины Львовны (Начальник Главного управления по вопросам миграции генерал-лейтенант полиции), инструкция в видео-группы. Также можете писать в Приемную Президента.
2) Пройти установление личности и получить временное убежище (данный документ будет удостоверять вашу личность, а паспорт приложите только для подтверждения регистрации).