Может ли контракт считаться недействительным?

Поскольку, как понимаю. Вы заключили контракт о прохождении военной службы, то отсутствие у Вас второго экземпляра не делает его недействительным.

В частности, в силу ст. 4 Положения о порядке прохождения военной службы

7. Контракт составляется в двух экземплярах, каждый подписывается лицами, его заключившими. Подпись должностного лица, подписавшего контракт, скрепляется гербовой печатью воинской части.
Первый экземпляр контракта после вступления его в силу приобщается к личному делу военнослужащего, заключившего контракт, а второй экземпляр выдается военнослужащему.
8. Контракт вступает в силу со дня его подписания должностным лицом, определенным настоящим Положением, о чем издается соответствующий приказ.

Издать соответствующий приказ и довести его до Вашего сведения могли раньше, чем в часть придет Ваш контракт, который подписывается уполномоченным должностным лицом (не обязательно командиром части).

В таком случае, не исключен вариант, что контракт был выслан в часть по месту прохождения службы.

и зарплата по поданным реквизитам не начислялась.

 А в этой связи обращаетесь с рапортом на имя командования части, для выяснения причин не выплаты денежного довольствия.