Могу ли Я не проходить медкомиссию или отказаться от неё?

Добрый  день. 

договор  ГПХ не  является  трудовым  договором, а,  следовательно,  требования Трудового  кодекса не  распространяются  на  него. 

договор ГПХ  в  вашем  случае  это  договор  оказания  услуг. 

Статья 779. Договор возмездного оказания услуг (Гражданский  кодекс РФ)
1. По договору возмездного оказания услуг исполнитель обязуется по заданию заказчика оказать услуги (совершить определенные действия или осуществить определенную деятельность), а заказчик обязуется оплатить эти услуги.

по  данному  договору  вы  не  можете  быть  принятым  на  работу,  на  ваши  отношения   в  данном случае  распространяется  исключительно  Гражданский  кодекс,  а  не  Трудовой.