И Если гражданин Афганистана постоянно находится на территории РФ имеет СНИЛС и т.д.?

Здравствуйте, Оксана. Положения статьи 13 Федерального закона от 25.07.2002 № 115-ФЗ  «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» определяют следующее:

Иностранные граждане пользуются правом свободно распоряжаться своими способностями к труду, выбирать род деятельности и профессию, а также правом на свободное использование своих способностей и имущества для предпринимательской и иной не запрещенной законом экономической деятельности с учетом ограничений, предусмотренных федеральным законом.

Далее обратимся к положениям статьи 207 Налогового кодекса РФ.

1. Налогоплательщиками налога на доходы физических лиц (далее в настоящей главе — налогоплательщики) признаются физические лица, являющиеся налоговыми резидентами Российской Федерации, а также физические лица, получающие доходы от источников, в Российской Федерации, не являющиеся налоговыми резидентами Российской Федерации.

2. налоговыми резидентами признаются физические лица, фактически находящиеся в Российской Федерации не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев.

Далее я продолжу ответ ниже:

Оксана, добрый день!

должно ли ООО оплачивать НДФЛ и Страховые взносы — если гражданин Афганистана постоянно находится на территории Афганистана?

НДФЛ следует уплачивать, поскольку налоговый нерезидент РФ получает доход от источников в РФ (п. 1 ст. 208 НК РФ):

3) доходы, полученные от использования в Российской Федерации авторских или смежных прав;

Договора об устранении двойного налогообложения с Афганистаном нет, потому зачет налога не происходит.

Страховые взносы не платите.

Если гражданин Афганистана постоянно находится на территории РФ имеет СНИЛС и т.д.?

 НДФЛ в таком случае также нужно удерживать и перечислять.

Необходимость уплаты страховых взносов зависит от вида страхового обеспечения и статуса иностранного гражданина. Если, допустим, ему выдано разрешение на работу и он не ВКС, то уплачиваются страховые взносы на ОПС.