Если человек не захочет работать в органах по контракту, то он выплачивает деньги?

Добрый день! Согласно ст. 56 Закона " об образовании в РФ" 

 В случае неисполнения гражданином, заключившим договор о целевом обучении, предусмотренных договором о целевом обучении обязательств по освоению образовательной программы и (или) осуществлению трудовой деятельности в течение трех лет он обязан возместить заказчику целевого обучения расходы, связанные с предоставлением мер поддержки.

Таким образом, если Вы не исполните обязательства по договору, то должны полностью возместить расходы по вашему обучению.