Являюсь ли я добросовестным приобретателем в такой ситуации?

Если сможете все правильно подготовить и в суде доказать свои доводы. 

Добросовестным приобретателем по суду признать вас конечно же могут, поскольку, все существенные условия договора исполнены, денежные средства переданы продавцу, акт приёма — передачи квартиры подписан. 

Другое дело, что переход прав собственности на недвижимость происходит с момента государственной регистрации сделки. 

И ещё один важный момент. Полагаю, что продавец знал о существовании судебного спора относительно данной квартиры и, вероятно, нарочно и в корыстных целях ввёл вас в заблуждение при продаже объекта, что прямо является мошенничеством по ст. 159. Думаю, состав преступления найти не составит проблем правоохранительным органам. Обращайтесь в первую очередь с соответствующим заявлением в полицию. 

Добрый день!  Добросовестный приобретатель становится собственник недвижимого имущества смомента его государственной регистрации в ЕГРН. Основание ст. 223 ГК РФ и п. 13 Постановление Пленума Верховного Суда РФ N 10, Пленума ВАС РФ N 22 от 29.04.2010 (ред. от 23.06.2015) «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав». 

Т.к. Ваше право собственности не зарегистрировано, но Вы добросовестным приобретателем не являетесь. В свою очередь, первоначальный собственник вправе к Вам заявить исковые требования об истребовании недвижимого имущества из чужого незаконного владения.