Существует ли ограничения в сумме оплаты проезда?

Здравствуйте Ксения. 

Здесь ситуация такая.

Если работник работает в федеральном ведомстве, в отношении порядка назначения компенсации применяются постановление Правительства РФ.

Если он работает в региональном органе или ведомстве, применяются положения нормативного правового акта соответствующего субъекта РФ.

Если он работает в муниципальном органе или ведомстве, согласно нормативному правовому акту утвержденному на уровне муниципалитета.

Т.е. все вышеприведенные примеры касаются так называемых бюджетных организация, органов и ведомств.

Что касается не бюджетных организаций, или ИП, то они как работодателя самостоятельно определяются порядок назначения такой компенсации своим работникам, т.е. принимают соответствующий локальный акт (положение, правила и т.п.) на своем уровне, такое право им предоставлено трудовым законодательством РФ,

Статья 325 Трудового кодекса РФ:

Компенсация расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно

работающих в федеральных государственных органах...устанавливается нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.

работающих в государственных органах субъектов Российской Федерации, ..устанавливаются нормативными правовыми актами органов государственной власти субъектов Российской Федерации,

 в органах местного самоуправления, муниципальных учреждениях, — нормативными правовыми актами органов местного самоуправления, 

у других работодателей, — коллективными договорами, локальными нормативными актами, принимаемыми с учетом мнения выборных органов первичных профсоюзных организаций, трудовыми договорами.
http://www.consultant.ru/docum...

Т.е. если работодатель ИП, или коммерческая организация, он либо принимает свое положение или правила и ими определяет максимальный размер, либо  вносит в трудовой договор с работником условие о максимальном размере такой компенсации, если ранее этого сделано не было, необходимо предпринять такие меры сейчас, в целях урегулирования данного порядка во взаимоотношениях с работником по выплате данной компенсации.