Может ли один из двух собственников дома запретить второму прописать в нем свою дочь?

В силу п.2 ст.246 ГК РФ участник долевой собственности вправе по своему усмотрению продать, подарить, завещать, отдать в залог свою долю либо распорядиться ею иным образом с соблюдением при ее возмездном отчуждении правил, предусмотренных статьей 250 настоящего Кодекса (преимущественное право покупки).

Вы можете оформить договор дарения доли в праве собственности на дом дочери, при этом  выписываться  Вам с мужем из этого дома не требуется.